Penerapan Model Markov Tersembunyi untuk Mengetahui Persentase Kecocokan dari Deoxyribonucleic Acid pada Pohon Filogenetik Ursidae (Beruang)

Abstract

Jumlah data biologi molekuler yang semakin meningkat pasca genome project membutuhkan pengelompokkan data ke dalam suatu kelompok subfamili berdasarkan tingkat kesamaan data tersebut. Pengelompokan dan penentuan subfamili berdasarkan kumpulan sequence DNA merupakan salah satu cara yang penting dalam bidang ini. Cara ini hampir dikatakan tidak bisa dilakukan secara manual sehingga membutuhkan alat bantu komputasi, di mana Model Markov Tersembunyi (MMT) merupakan salah satu metode komputasi yang dapat membantu dalam menganalisis kemiripan dari topologi pohon filogenetik, salah satunya adalah spesies ursidae (Beruang) dengan membandingkan sequence antar DNA. Beberapa Algoritma dilibatkan untuk memecahkan permasalahan dalam MMT, yaitu Algoritma maju mundur, algoritma Baum – Welch, dan Algoritma Viterbi. Hasil proses pengujian MMT pada keempat DNA dari family ursidae (Beruang) dapat disimpulkan bahwa keempat spesies tersebut berkerabat dekat, karena memiliki persentase kecocokan yang cukup besar.