STUDI IN SILICO PENGIKATAN MIR-142 DENGAN GEN SITOKIN INFLAMASI BERDASARKAN NILAI ∆G DAN LOGISTIC PROBABILITY SEBAGAI AGEN TERAPI INFEKSI MRSA

Abstract

Salah satu infeksi yang sulit diobati dengan tingkat morbiditas tinggi yaitu infeksi Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA). MRSA memiliki faktor virulensi yang dapat meningkatkan efek yang ditimbulkan akibat infeksi dan dapat menyebabkan sindrom klinis seperti inflamasi. Pemicu inflamasi tersebut adalah produksi sitokin seperti IL-1b, TNF-α, IL-6, dan juga produksi NFᴋB dan NLRP3 yang dapat mengatur sintesis sitokin tertentu. Salah satu target penanganan masalah tersebut adalah menggunakan miR-142 yang merupakan regulator penting dalam berbagai proses biologis dan berhubungan dengan jalur signaling suatu penyakit. Penelitian ini dilakukan untuk menentukan pengikatan terbaik miR-142 dengan gen sitokin proinflamasi yang berperan dalam infeksi MRSA berdasarkan nilai ΔGhybrid dan logistic probability. Prediksi pengikatan miR-142 matur dengan gen sitokin (mRNA) dilakukan dalam website StarMir Sfold 2.2.  Sekuens lengkap gen sitokin diperoleh dari FASTA NCBI dan data CDS diperoleh dari Refseq.  Hasil prediksi pengikatan miR-142 dengan 5 target diperoleh 605 model pengikatan. Pengikatan terbaik terjadi pada ikatan antara ikatan NFᴋB dengan hsa-miR-142-3p pada CDS seedless posisi 791 – 813 dibuktikan dengan nilai ΔGhybrid paling rendah dari semua ikatan yang terjadi.